店舗付き住宅を売却したらかかる税金｜売主が知るべき全体像

1棟の建物を「2つの資産」として計算する

押さえておきたいのは、譲渡所得の計算が「物件単位」ではなく「用途単位」で組み立てられる点です。物理的には1棟でも、住んでいた部分には住宅としての税制が、店舗として使っていた部分には事業用資産としての税制が、それぞれ別に適用される余地があります。

国税庁は、1つの家屋の中に居住用部分と店舗用部分が一緒になっている店舗併用住宅を売ったときに、マイホームを売ったときの3,000万円の特別控除の特例などの適用を受けることができるのは、自分の居住の用に使っていた部分に限られるとしています（出典：国税庁「No.3452 店舗併用住宅を売ったときの特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3452.htm／2026年10月時点）。この一文が、店舗付き住宅の税務の出発点になります。

なぜ分ける必要があるのか

住宅に用意されている税制上の配慮が、事業用資産には用意されていないからです。3,000万円の特別控除や軽減税率は、いずれも居住の用に供していた家屋を前提にした仕組みです。店舗部分にまで及ぼせば収益物件の売却との公平性が保てないため、適用対象を居住用部分に限る線引きがされています。

売主の立場では、居住用部分をどれだけ正しく主張できるかが税額に直結します。感覚で「半分くらい住んでいた」と申告するのではなく、図面や固定資産税の資料で説明できる状態をつくる必要があります。早い段階で税理士に相談し、按分の考え方を固めてから売買の話を進めると安心です。

土地も同じ考え方で分かれる

見落としやすいのが敷地の扱いです。建物を按分するなら、その土地も同じ比率で分けるのが基本的な整理になります。国税庁の算式も、家屋だけでなく敷地についての按分を示しています。土地の評価額が大きい物件では、影響は建物以上に大きくなります。

また、建物は売主個人、土地は相続した持分が複数人に分かれているような場合は、譲渡所得の計算そのものが人ごとに分かれます。権利関係が複雑な物件では、税務の整理の前に権利の整理が必要になることもあり、その段階では弁護士の確認も視野に入れておくとよいでしょう。

居住用部分に使える特例と「おおむね90パーセント」の取扱い

売主がもっとも金額的な影響を受けるのが居住用財産の特例です。国税庁は「マイホーム（居住用財産）を売ったときは、所有期間の長短に関係なく譲渡所得から最高3,000万円まで控除ができる特例」があると説明しています（出典：国税庁「No.3302 マイホームを売ったときの特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm／2026年10月時点）。所有期間を問わない点が、他の特例と比べて使いやすい部分です。

ただし要件は細かく、同庁は、売った年の前年および前々年にこの特例などの適用を受けていないこと、売手と買手が親子や夫婦など特別の関係でないことなどを挙げています。適用を受けるには一定の書類を添えた確定申告も必要とされています。要件が自分のケースに当てはまるかは、資料を見ながら税理士に確認するのが確実です。

「おおむね90パーセント以上」というもう一つの道

知っているかどうかで結論が変わりやすいのがこの取扱いです。国税庁は、店舗併用住宅のうち居住の用に使っていた部分が全体のおおむね90パーセント以上であるときは、全体を居住の用に使っていたものとしてこれらの特例の適用を受けることができるとしています（出典：国税庁「No.3452 店舗併用住宅を売ったときの特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3452.htm／2026年10月時点）。

玄関脇の一室だけを小さな事務所や教室に使っていたようなケースでは、按分せずに全体を居住用として扱える可能性があるということです。逆に90パーセントを下回る物件では按分が前提になります。境目の近くにある建物は面積の数え方で取扱いが変わり得るため、自己判断で決めず税理士に数字を見てもらうことをおすすめします。

所有期間が長い居住用財産の軽減税率

特別控除を引いてもなお譲渡所得が残る場合に検討したいのが軽減税率の特例です。国税庁は、所有期間が一定の年数を超えるマイホームを売ったときに、長期譲渡所得の税額を通常より低い税率で計算する特例があるとしています（出典：国税庁「No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3305.htm／2026年10月時点）。

長く商売を続けてきた店舗付き住宅は所有期間が長いことが多く、この特例の射程に入りやすい性質があります。具体的な年数や税率は国税庁のページで最新の内容をご確認のうえ、適用の可否は税理士に判断してもらうのが確実です。

按分はどう計算するのか

国税庁は店舗併用住宅の按分について、家屋と敷地それぞれの床面積を基準とする算式を示しています（出典：国税庁「No.3452 店舗併用住宅を売ったときの特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3452.htm／2026年10月時点）。建物全体の床面積のうち居住の用に使っていた部分が占める割合を求め、その割合を家屋と敷地に当てはめる考え方です。

実務で迷うのは「どの面積を分子に入れるか」です。1階がまるごと店舗、2階がまるごと住宅なら迷いませんが、実際には玄関・階段・トイレ・倉庫のように両方で使っていた空間があります。共用部分の振り分けは、建物の使い方の実態を踏まえた判断になります。

按分が影響する範囲を一覧で押さえる

計算項目	居住用部分	事業用部分
譲渡収入	按分比率に応じて配分	按分比率に応じて配分
取得費	按分のうえ建物は償却後の価額	事業で計上してきた帳簿価額との整合を確認
譲渡費用	仲介手数料などを按分	同じ比率で按分
3,000万円特別控除	適用の余地がある	対象外
消費税（建物部分）	売主の課税関係により判断	売主が課税事業者なら課税対象となる余地

按分は一度決めたら収入・取得費・費用のすべてに効いてきます。収入だけ按分して費用は全体で引くといった混在した計算は整合性を欠くため、最初に比率を固める作業が重要です。税額への影響が大きい論点ですから、資料をそろえた段階で税理士に検証してもらうのが安全です。

取得費と譲渡費用も分けて考える

譲渡所得は、収入金額から取得費と譲渡費用を差し引いて計算されます。国税庁は取得費について、土地建物の購入代金や建築代金、購入手数料などの合計額から建物の減価償却費相当額を差し引いた金額になると説明しています（出典：国税庁「No.3252 取得費となるもの」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3252.htm／2026年10月時点）。

厄介なのは、減価償却の扱いが居住用部分と事業用部分で異なる点です。事業用部分は商売をしていた年々の所得計算で償却費を経費に計上してきたはずで、その積み上げが取得費に反映されます。過去の確定申告書や減価償却資産台帳が残っているかで作業量が変わるため、売却を考え始めた時点で書類を探しておくと税理士との打ち合わせが短く済みます。

取得費がわからないときの選択肢

代々受け継いできた店舗付き住宅では、いくらで取得したのかわからないことがあります。国税庁は取得費が不明な場合の取扱いとして、譲渡収入金額の一定割合を取得費とする方法を示しています（出典：国税庁「No.3258 取得費が分からないとき」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3258.htm／2026年10月時点）。

ただしこの方法は、実際の取得費が判明している場合と比べて不利になりやすい性質があります。古い売買契約書、当時の領収書、建築時の請負契約書、通帳の記録など、裏づけになる資料が一つでも出てくれば状況が変わる可能性があります。手元の資料で足りるかは税理士に見てもらうのが確実です。

譲渡費用に入るもの・入らないもの

国税庁は、売るために直接かかった費用が譲渡費用の対象となる一方、修繕費や固定資産税など維持管理のためにかかった費用は譲渡費用にならないとしています（出典：国税庁「No.3255 譲渡費用となるもの」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3255.htm／2026年10月時点）。

店舗付き住宅では、テナントに退いてもらうための立退料や内装の撤去費用が発生することがあります。こうした支出の扱いは性質によって判断が分かれる論点です。金額が大きくなりやすいため、支出する前に税理士に確認し、立退きの合意書については弁護士に目を通してもらう段取りにしておくと後から困りにくくなります。

税率は所有期間で変わる

国税庁は、土地や建物を売ったときの譲渡所得に対する税金は他の所得と区分して計算し、長期譲渡所得と短期譲渡所得で税率が異なると説明しています（出典：国税庁「No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3202.htm／2026年10月時点）。

所有期間の数え方には注意点があります。取得した日から売った日までの実際の期間ではなく、売った年の1月1日を基準に判定する仕組みです（出典：国税庁「No.3208 長期譲渡所得の税額の計算」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3208.htm、「No.3211 短期譲渡所得の税額の計算」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3211.htm／2026年10月時点）。年末に引き渡すか年明けにするかで区分が変わり得るという意味で、引渡し時期の設定は税務上の論点になります。

相続した店舗付き住宅の所有期間

親から引き継いだ建物を売る場合、自分が相続した時からの期間だけで判定するわけではありません。相続や贈与で取得した資産については、被相続人や贈与者の取得時期を引き継ぐ取扱いが示されています（出典：国税庁「No.3270 相続や贈与によって取得した土地・建物の取得費と取得の時期」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3270.htm／2026年10月時点）。

相続して間もない物件でも、親の代から長く保有していれば長期として扱われる余地があります。逆に言えば、税額を見積もるには親がいつ取得したかという情報が要ります。資料の読み取りと期間の判定は専門的な作業ですから、この部分を税理士に確認してから売り出し時期を決めると判断がぶれにくくなります。

譲渡所得税以外にかかる税金

まず売買契約書には印紙税がかかります。国税庁は、不動産の譲渡に関する契約書が印紙税の課税文書であり、記載された契約金額に応じて税額が定められていることを示しています（出典：国税庁「No.7108 不動産の譲渡、建設工事の請負に関する契約書に係る印紙税の軽減措置」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7108.htm／2026年10月時点）。

次に消費税です。国税庁は、土地の譲渡および貸付けが消費税の非課税取引とされていることを示しています（出典：国税庁「No.6201 非課税となる取引」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6201.htm／2026年10月時点）。したがって論点になるのは建物部分です。

店舗付き住宅の消費税をどう考えるか

売主が長く商売を営んでいた場合、消費税の課税事業者に該当している可能性があります。課税事業者が事業として建物を譲渡すれば、その部分は課税対象となる余地が出てきます。一方、自宅部分の譲渡は事業として行う資産の譲渡とは性質が異なるという整理もあり得ます。

この判断は事業の規模や建物のどの部分を事業に使っていたかといった要素がからむため、一般論で答えが出るものではありません。売買契約書に土地と建物の価格をどう書くかという契約実務にも直結します。金額の組み立ては税理士に、契約条項の表現は弁護士や宅地建物取引業者に確認してもらう体制で臨むのが安全です。

よくある質問

まとめ

店舗付き住宅の税金は、「1棟を2つに分けて考える」という一点を押さえれば全体像が見えてきます。居住用部分には3,000万円の特別控除や軽減税率という住宅向けの配慮が及ぶ余地があり、事業用部分には及びません。その線引きを決めるのが按分で、国税庁は床面積を基準とする算式と、居住用部分がおおむね90パーセント以上なら全体を居住用として扱える取扱いを示しています。

按分の比率は、譲渡収入だけでなく取得費や譲渡費用にも一貫して影響します。さらに所有期間による税率の区分、相続による取得時期の引継ぎ、印紙税や消費税の扱いが重なります。だからこそ、売り出す前の資料整理の段階で方針を固めることに意味があります。

図面や契約書を探し、按分の考え方を税理士と決め、テナントや共有者の問題があれば弁護士に確認する。この順番で進めれば、売買条件の設計も申告も無理なくつながります。税務の整理は早めに着手しておくと落ち着いて判断できます。