事業用不動産の売却で「売主が最も重視すべき」3つの要素
事業用不動産を売るとき、売主は何を最も重視すべきですか？
売却価格そのものより、①売った後に手元に残る「手取り」、②税金・市場・自分の事情がかみ合う「時期」、③売却後に責任や問題を残さない「条件」の3つです。価格が高くても、税金や諸費用、残債を差し引いた手取りが少なければ意味がありません。所有期間が売った年の1月1日時点で5年を超えるかどうかで税率が変わるように、時期は手取りに直結します。そして契約の条件は、引渡し後の安心を左右します。手取りと時期は税理士に、条件は弁護士に確認するのが基本です。
事業用不動産の売却を考え始めた売主の多くは、まず「いくらで売れるか」を気にします。もちろん価格は大切です。けれども、売却を終えた売主から聞こえてくるのは、「思ったより手元に残らなかった」「もう少し時期を考えればよかった」「引渡し後にテナントとの問題が持ち込まれた」といった声です。
こうした後悔は、価格以外の要素を後回しにしたことから生まれます。売主が最も重視すべきなのは、「手取り」「時期」「条件」の3つです。価格は、この3つを満たすための手段の一つにすぎません。
この記事では、店舗、事務所、テナントビル、事業用区分マンションなどの売主が、3つの要素をどう考え、何を確認すればよいかを順に整理します。個別の判断は専門家にご確認いただく前提で、優先順位のつけ方をお伝えします。
なぜ「価格」だけで判断してはいけないのか
ポイントは3個：
- 売却価格から、税金・諸費用・残債を差し引いたものが手取りになる
- 同じ価格でも、売る時期によって税金が変わることがある
- 価格を優先して条件を譲ると、売却後に負担が残ることがある
事業用不動産の売却では、価格は「入口の数字」です。そこから税金、仲介手数料などの諸費用、ローンの残債が差し引かれ、最後に残るのが手取りです。さらに、同じ価格でも売る時期によって税金が変わり、契約の条件によっては売却後に費用や手間が発生することもあります。
たとえば、A社は高い価格を提示したが引渡し後の責任を広く求めている、B社は価格がやや低いが責任の範囲を限定してくれる、という場面を考えてみてください。どちらが良いかは、価格の差だけでは決まりません。手取りの差と、売却後に残るリスクの差を並べて初めて比べられます。
3つの要素は互いにつながっています。時期を急げば価格や条件で譲ることになりやすく、条件を厳しくすれば買主が限られて時期が延びることもあります。どれを優先するかは売主の事情によって違いますが、3つを同じ表の上で比べる習慣を持つことが、後悔しない売却の第一歩です。税金の比較は税理士に、条件の比較は弁護士に手伝ってもらうと、判断の精度が上がります。
要素1「手取り」─ 売った後に残るお金で考える
ポイントは4個：
- 譲渡所得は、売った金額から取得費と譲渡費用を差し引いて計算する
- 事業用の建物は、償却費の合計額を差し引くため取得費が小さくなりやすい
- ローンが残る場合は、決済時の一括返済額を差し引く
- 税金は売った年の翌年に納めるため、納税資金を分けておく
1つ目の要素は手取りです。手取りを考えるうえで最も大きいのが税金です。国税庁は、土地や建物を売ったときの譲渡所得は、売った金額から取得費と譲渡費用を差し引いて計算し、他の所得と区分して税額を計算するとしています（出典：国税庁「No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3202.htm／2026年10月時点）。
事業用不動産で注意したいのは取得費です。国税庁は、事業用の建物の取得費は、毎年の必要経費に算入された償却費の合計額を差し引いて計算するとしています（出典：国税庁「No.3261 建物の取得費の計算」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3261.htm／2026年10月時点）。長く貸してきた建物ほど取得費が小さくなり、譲渡所得が大きく出やすいのです。購入時の価格から考えて「それほどもうかっていない」と思っていても、税金の計算では大きな譲渡所得になることがあります。
手取りの試算に入れたい項目
税金のほかに差し引くものもあります。国税庁は、譲渡費用は土地や建物を売るために直接かかった費用であり、修繕費や固定資産税など資産の維持・管理のための費用は含まれないとしています（出典：国税庁「No.3255 譲渡費用となるもの」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3255.htm／2026年10月時点）。ローンが残る場合は一括返済額を、抵当権の抹消には登録免許税がかかります。法務省は抹消の登録免許税を不動産1物件につき1,000円としています（出典：法務省民事局「抵当権の登記を抹消するための登記申請手続のご案内（令和6年4月版）」 https://houmukyoku.moj.go.jp/homu/content/001415368.pdf／2026年10月時点）。
| 項目 | 内容 | 確認先 |
|---|---|---|
| 売却価格 | 査定額や買主の提示額 | 業者 |
| 譲渡所得にかかる税金 | 取得費・償却費・譲渡費用から計算 | 税理士 |
| 諸費用 | 仲介手数料、契約書の印紙税、登記の費用など | 業者、司法書士 |
| ローンの残債 | 決済予定日の一括返済額 | 金融機関 |
| 精算・引継ぎ | 固定資産税・管理費等の精算、敷金の引継ぎ | 業者、税理士 |
そして、税金は売った年の翌年に申告して納めます。受け取った代金を次の事業や借入の返済に使い切ってしまうと、翌年の納税で困ることになります。手取りとは「税金を納めた後に自由に使えるお金」と考え、納税資金は最初から分けておきましょう。この試算は、取得時の契約書と過去の確定申告書を持って税理士に依頼するのが確実です。
要素2「時期」─ 税金・市場・自分の事情を重ねる
ポイントは4個：
- 売った年の1月1日時点で所有期間が5年を超えるかどうかで税率が変わる
- 相続した物件は、相続税の申告期限の翌日以後3年が取得費加算の期限
- 市場の流れは地価公示や価格指数で方向感をつかむ
- 建物の修繕時期、テナントの契約、売主の事業計画もあわせて考える
2つ目の要素は時期です。時期を考えるときは、税金の期限、市場の流れ、売主自身の事情という3つの時計を重ねて見ることが大切です。
まず税金の時計です。国税庁は、譲渡した年の1月1日現在の所有期間が5年を超えるものを長期譲渡所得、5年以下のものを短期譲渡所得とし、税率は長期が所得税15%（住民税5%）、短期が所得税30%（住民税9%）としています。令和29年分までは、基準所得税額の2.1%の復興特別所得税もあわせて申告・納付します（出典：国税庁「No.3208 長期譲渡所得の税額の計算」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3208.htm、「No.3211 短期譲渡所得の税額の計算」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3211.htm／2026年10月時点）。5年の境目に近い物件では、売る年を1年ずらすだけで税率がおよそ半分になる場合があるのです。
相続した物件には、別の期限があります。国税庁は、相続開始のあった日の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに売った場合、相続税額の一部を取得費に加算できるとしています（出典：国税庁「No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3267.htm／2026年10月時点）。相続税の申告期限は相続の開始を知った日の翌日から10か月以内とされているため（出典：国税庁「No.4205 相続税の申告と納税」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4205.htm／2026年10月時点）、相続からおおむね3年10か月が目安になります。
市場の時計と、自分の時計
市場の流れは、公的なデータで方向感をつかめます。国土交通省によると、令和8年地価公示では商業地の全国平均の変動率が4.3%で、三大都市圏で7.8%、地方圏で1.6%とされています（出典：国土交通省「令和8年地価公示の概要」 https://www.mlit.go.jp/totikensangyo/content/001985434.pdf／2026年10月時点）。ただし、データは過去の数字であり、地域差も大きいため、これだけで売り時を判断することはできません。
最後は売主自身の時計です。大規模な修繕の時期が近づいていないか、テナントの契約更新や退去の予定はどうか、事業の承継や資金の使い道に期限はあるか。3つの時計が「今がよい」とそろう時期は多くありません。どれを優先するかを決め、税理士に複数の時期で手取りを比べてもらうと、納得のいく判断がしやすくなります。相続人が複数いる場合は、期限に間に合うよう弁護士とも早めに進め方を相談しておきましょう。
要素3「条件」─ 売却後に責任や問題を残さない
ポイントは4個：
- 引渡し後の責任の範囲、手付金と解除の条件、引渡し日を確認する
- 知っている不具合や浸水の履歴は、契約前に伝えておく
- テナントがいる場合は、賃貸人の地位と敷金の引継ぎを整理する
- 媒介契約の種類と条件も、売却全体の条件の一部になる
3つ目の要素は条件です。売買契約の条件は、引渡しの後に売主が負う責任と手間を決めます。価格の交渉に気を取られて、ここを読み飛ばしてしまう売主は少なくありません。特に確認したいのは、引渡し後に不具合が見つかった場合の責任の範囲、手付金の額と解除の条件、引渡しの日、そして付帯設備の扱いです。
売却後の問題を減らすいちばんの方法は、知っている事実を契約前に伝えておくことです。たとえば水害のリスクについて、国土交通省は水害ハザードマップにおける対象物件の所在地を重要事項説明の対象に加え、令和2年8月28日から施行しています（出典：国土交通省 報道発表資料 https://www.mlit.go.jp/report/press/totikensangyo16_hh_000205.html／2026年10月時点）。重要事項説明は業者が行いますが、過去の浸水や雨漏り、設備の不具合を知っているのは売主です。早めに業者に伝えておけば、契約書の告知事項に反映できます。
テナントがいる物件と、媒介契約の条件
テナントがいる物件では、賃貸借の引継ぎも条件の一部です。民法には、賃貸物である不動産が譲渡されたときに賃貸人の地位が譲受人に移転し、敷金の返還に関する債務も譲受人に引き継がれる旨の定めがあります（参考：e-Gov法令検索 民法 https://laws.e-gov.go.jp/law/129AC0000000089／2026年10月時点）。敷金の額、賃料の精算方法、テナントへの通知の仕方を契約書でどう定めるかは、弁護士に確認しておきましょう。敷金の税務上の扱いについて国税庁は、敷金は預り金であり受け取った時点では収入にならないとしています（出典：国税庁「No.1376 不動産所得の収入計上時期」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1376.htm／2026年10月時点）。
売買契約の前の段階、つまり業者との媒介契約の条件も見落とせません。国土交通省の標準媒介契約約款では、専任媒介契約は締結の翌日から7日以内の範囲、専属専任媒介契約は5日以内の範囲で指定流通機構に登録し、業務の処理状況を専任媒介で2週間に1回以上、専属専任媒介で1週間に1回以上報告することとされています（出典：国土交通省 標準媒介契約約款 https://www.mlit.go.jp/totikensangyo/const/content/001723420.pdf／2026年10月時点）。情報がいつ外に出るか、どのくらいの頻度で報告を受けるかも、売主が選べる条件です。
3つの要素を1枚の表で比べる
ポイントは3個：
- 複数の買主や業者の提案は、手取り・時期・条件の3列で比べる
- 自分にとって譲れない要素を1つ決めておく
- 比べた結果は、専門家に見せて判断の抜けを確かめる
複数の業者から査定を受けたり、複数の買主から条件が届いたりしたときは、手取り・時期・条件の3列を持つ表で比べてみてください。価格の列だけを見ていると、どうしても高い数字に目が行きます。3列に分けると、価格の差が手取りではどのくらいの差になり、その代わりに何を受け入れるのかが見えてきます。
そのうえで、自分にとって譲れない要素を1つ決めておきます。「手取りは〇〇円を下回らない」「年内に決済を終えたい」「引渡し後の責任は限定したい」。譲れない要素がはっきりしていれば、ほかの2つでどこまで譲れるかの判断も速くなります。
比べた表は、そのまま専門家への相談資料になります。手取りと時期の列は税理士に、条件の列は弁護士に見てもらえば、自分では気づかなかった論点を指摘してもらえます。表を作ること自体が、売主が売却の主導権を持つための準備です。
税務・法務の確認をあわせて進めるために
3つの要素のうち、手取りと時期は主に税務の、条件は主に法務の論点です。どれか一つだけを専門家に確認しても、ほかの要素とのつながりは見えません。媒介契約の前と売買契約の前の二つの節目で、両方の専門家に3つの要素をまとめて見てもらうのが理想です。
税務面で税理士に確認したい主な事項は、想定価格での譲渡所得と手取り、取得費と償却費の合計額、売却時期ごとの長期・短期の区分と税額の比較、相続した物件の取得費加算の額と期限、土地と建物の価格配分と消費税の扱い、売った年の不動産所得、翌年の納税資金の準備などです。
法務面で弁護士に確認したい主な事項は、売買契約の責任の範囲と告知事項、手付金と解除の条件、引渡し日と付帯設備の定め、テナントがいる場合の賃貸人の地位と敷金の引継ぎ、媒介契約の種類と条項、共有者や相続人の間での合意の取り方などです。
登記の手続きは司法書士、ローンの返済は金融機関が窓口になります。関わる人が多いからこそ、売主自身が3つの要素の優先順位を持っておくことが、全体をまとめる軸になります。
よくある質問
Q1. 一番高い価格を出した買主を選べばよいのではないですか
価格が高くても、引渡し日や責任の範囲などの条件によっては、手取りや売却後の負担に差が出ます。手取り・時期・条件の3つで比べたうえで判断することをおすすめします。
Q2. 手取りはどうやって計算しますか
売却価格から、譲渡所得にかかる税金、仲介手数料などの諸費用、ローンの残債を差し引きます。譲渡所得は売った金額から取得費と譲渡費用を差し引いて計算します（No.3202／2026年10月時点）。税金の部分は税理士に試算を依頼してください。
Q3. 長く貸してきた建物ほど税金が増えるのはなぜですか
事業用の建物は、毎年の必要経費に算入された償却費の合計額を取得費から差し引くためです（No.3261／2026年10月時点）。取得費が小さくなると、譲渡所得が大きく計算されます。
Q4. 売る時期で税金はどのくらい変わりますか
売った年の1月1日時点で所有期間が5年を超えれば長期（所得税15%・住民税5%）、5年以下なら短期（所得税30%・住民税9%）です（No.3208／2026年10月時点）。境目に近い場合は税理士にご確認ください。
Q5. 相続した物件はいつまでに売るべきですか
相続税が課税されている場合、相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに売れば、相続税額の一部を取得費に加算できます（No.3267／2026年10月時点）。期限は相続からおおむね3年10か月が目安です。
Q6. 地価が上がっているなら、待ったほうがよいですか
市場データは過去の数字で、今後の動きを示すものではありません。税金の期限、建物の修繕時期、テナントの契約状況、売主自身の事情を重ねて考えることが大切です。
Q7. 売却後のトラブルを減らすにはどうすればよいですか
知っている不具合や浸水の履歴などを契約前に業者へ伝え、告知事項に反映してもらうことです。責任の範囲の定め方は、署名の前に弁護士に契約書案を見てもらうと安心です。
Q8. テナントがいると条件はどう変わりますか
賃貸人の地位と敷金の引継ぎ、賃料の精算方法、テナントへの通知の仕方が条件に加わります。民法の定めを踏まえ、契約書での定め方を弁護士に確認してください（民法／2026年10月時点）。
Q9. 媒介契約の種類も条件に関係しますか
関係します。標準媒介契約約款では、専任媒介は締結の翌日から7日以内の範囲、専属専任媒介は5日以内の範囲で指定流通機構に登録するとされています（標準媒介契約約款／2026年10月時点）。情報の出し方や報告の頻度も選ぶ条件の一つです。
Q10. 3つの要素のうち、どれを優先すべきですか
売主の事情によって違います。大切なのは、譲れない要素を1つ決め、残りの2つでどこまで譲れるかを考えることです。比べた表を税理士と弁護士に見てもらうと、判断の抜けを防げます。
まとめ
事業用不動産の売却で売主が最も重視すべきなのは、売却価格そのものではなく、「手取り」「時期」「条件」の3つです。手取りは、価格から税金・諸費用・残債を差し引いた、売主が自由に使えるお金。事業用の建物は償却費の分だけ取得費が小さくなり、譲渡所得が大きく出やすい点に注意が必要です。
時期は、所有期間5年の境目や相続の取得費加算の期限といった税金の時計、地価や価格指数で見る市場の時計、修繕やテナント、事業計画といった自分の時計を重ねて考えます。条件は、責任の範囲、告知事項、テナントの引継ぎ、媒介契約の内容まで含めて、売却後に問題を残さないよう整えます。
3つの要素を1枚の表に並べ、譲れない要素を1つ決める。その表を持って税理士と弁護士に相談すれば、価格の数字に振り回されない売却ができるはずです。
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