不動産を売却した売主にかかる税金｜全体像を1本でわかる完全ガイド

不動産を売ると決めたとき、最初に気になるのは「いくらで売れるか」です。ただし手元に残る金額は、そこから費用と税金を引いた後の数字になります。売却の検討を始めた段階で税の全体像を把握しておくと、価格交渉の下限や引渡し時期の判断がしやすくなります。

売主にかかる税金は一つではありません。譲渡所得に対する税、契約書に貼る印紙税、事業用資産であれば消費税、抵当権の抹消に伴う登録免許税と、性質の異なるものが同時に発生します。それぞれ課税のタイミングも納付先も異なります。

この記事では、国税庁が公開している一次情報をもとに、売主側の税金を一通り整理します。制度や数値は2026年9月時点で確認できる内容であり、個別の判断は税理士・弁護士などの専門家への相談を前提としてお読みください。

売主にかかる税金の全体像

（登録免許税の考え方は国税庁 No.7190 登録免許税のあらまし／No.7191 登録免許税の税額表をご確認ください。2026年9月時点の情報です。）

「売れた金額」に課税されるわけではない

土地や建物を売ったときの譲渡所得に対する税金は、他の所得と分離して計算することとされており、譲渡所得の金額は売った金額（収入金額）から取得費と譲渡費用を差し引いて計算します。（出典：国税庁 タックスアンサー No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税））差し引いた結果がマイナスであれば、譲渡所得としての課税は生じません。まずはこの構造を押さえておくと、後の話が整理しやすくなります。金額の当てはめは個別性が高いため、税理士の関与を前提に進めることをおすすめします。

税金以外にも、仲介手数料、抵当権抹消の司法書士報酬、測量費、残置物の処分費など、売却に伴う支出は複数あります。税金だけを見て手取りを計算すると差が出やすいため、支出全体を一覧にしたうえで、そのうち譲渡費用として扱えるものはどれかを税理士と確認する進め方が現実的です。

譲渡所得の計算式を分解する

取得費の考え方

取得費は、売った土地や建物を買い入れたときの購入代金や購入手数料などに、その後支出した改良費や設備費を加えた合計額とされています。建物については、購入代金などの合計額から所有期間中の減価償却費相当額を差し引いた額になります。（出典：国税庁 No.3252 取得費となるもの／No.3261 建物の取得費の計算）

買い入れた時期が古いなどの理由で取得費が分からない場合には、売った金額の5パーセント相当額を取得費とすることができるとされています。実際の取得費が売った金額の5パーセント相当額を下回る場合も同様です。（出典：国税庁 No.3258 取得費が分からないとき）取得時の資料が残っているかどうかで税額が大きく変わる傾向があるため、古い契約書や領収書は早い段階で探しておきたいところです。

なお、購入時の契約書が見つからない場合でも、住宅ローンの金銭消費貸借契約書、当時の通帳、登記済権利証に挟まれた書類などから取得価額の手がかりが得られることがあります。どこまでの資料であれば実額として扱えるかは判断が分かれる部分のため、集めた資料を持って税理士に相談するところから始めると効率的です。

譲渡費用になるもの・ならないもの

譲渡費用の主なものとして、売るために支払った仲介手数料、売主が負担した印紙税、貸家を売るために借家人へ支払う立退料、土地を売るために建物を取り壊したときの取壊し費用とその建物の損失額、より有利な条件で売るために既契約者へ支払った違約金、借地権を売るときの名義書換料などが挙げられています。一方、修繕費や固定資産税など資産の維持や管理のためにかかった費用は譲渡費用になりません。（出典：国税庁 No.3255 譲渡費用となるもの）

立退料や違約金が絡む場面では、支払いの根拠となる合意書の作り方が後の説明に影響します。金額と趣旨を明確にした書面を残す点については弁護士に、費用としての取扱いについては税理士に、それぞれ確認しておくと整理しやすくなります。

税率は所有期間で変わる

土地建物等の譲渡所得は、譲渡した年の1月1日において所有期間が5年を超えるものを長期譲渡所得、5年以下のものを短期譲渡所得として区分されます。（出典：前掲・国税庁 No.3202）税額はそれぞれ次の考え方で計算し、所得税額には復興特別所得税をあわせて申告・納付することとされています。

（出典：国税庁 No.3208 長期譲渡所得の税額の計算／No.3211 短期譲渡所得の税額の計算）

数え方でつまずきやすい点

基準は取得日から譲渡日までの実日数ではなく、譲渡した年の1月1日時点での所有期間です。そのため、取得から5年をわずかに過ぎたタイミングでも、年明けまで引渡しを待つかどうかで区分が変わることがあります。引渡し時期の設定は交渉事項でもあるため、税理士に確認したうえで買主と調整する流れが目安となります。なお、相続や贈与で取得した資産の取得の時期には別の定めがあります（国税庁 No.3270）。相続財産の権利関係が確定していない場合は、遺産分割の進め方について弁護士にも相談しておくと手戻りが減ります。

事業用不動産ならではの論点

消費税の扱い

消費税の課税対象は、国内において事業者が事業として対価を得て行う資産の譲渡等のうち非課税取引以外のものとされ、事業に使用していた建物や店舗賃貸用の建物を売却した場合も課税の対象になるとされています。（出典：国税庁 No.3240 個人が事業用建物等を譲渡した場合の消費税）一方、土地の譲渡および貸付けは非課税取引とされています。（出典：国税庁 No.6201 非課税となる取引）

土地と建物を一括で売る場合、契約書で価額をどう区分するかが消費税額に影響します。また、課税資産の譲渡等の時期は原則として引渡しがあった時とされているため、手付金を受け取った時点で課税されるわけではありません。（出典：国税庁 No.6165 前受金や前払金などがあるとき）納税義務の有無や区分方法の妥当性は個別性が高いため、契約書の文言を確定させる前に税理士へ相談しておくことが目安です。

減価償却と取得費の関係

建物の取得費は、購入代金などの合計額から所有期間中の減価償却費相当額を差し引いた額になります。計算の方法は、その建物を業務のために使っていたかどうかで異なる取扱いが定められています。（出典：国税庁 No.3261 建物の取得費の計算）長く賃貸してきた建物ほど取得費が小さくなり、その分だけ譲渡所得が大きく出やすい傾向があります。帳簿上の未償却残高と税務上の取得費が一致するとは限らないため、過年度の申告書と突き合わせる作業を税理士に依頼しておくと安心です。

なお、売主が法人の場合は、個人のように譲渡所得として分離して計算するのではなく、法人の所得の一部として扱われます。同じ物件でも、個人所有か法人所有かで検討すべき論点が変わってくるため、所有形態を前提に整理したうえで税理士に相談する流れが目安です。また、収入金額に含める金額の範囲については国税庁が別に整理しています（No.3214 土地建物を売ったときの収入金額に含める金額）。

事業用資産の買換えの特例

事業の用に供している特定の地域内の土地建物等を譲渡し、一定期間内に特定の買換資産を取得して取得の日から1年以内に事業の用に供したときは、一定の要件のもと、譲渡益の一部に対する課税を将来に繰り延べることができるとされています。非課税になるわけではない点に注意が必要です。この特例の適用を受けた場合、原則として売却した金額に20パーセントの割合を乗じた金額を収入金額として譲渡所得を計算します。（出典：国税庁 No.3405 事業用の資産を買い換えたときの特例）

要件は細かく定められており、買換資産が土地等であるときはその面積が譲渡した土地等の面積の5倍以内であること、買換資産を取得した日から1年以内に事業の用に供すること、届出書の提出などの手続きが期限内に行われていることなどが挙げられています。買い換えた資産の取得費は譲渡資産の取得価額を引き継ぐため、将来の売却時の計算にも影響します。適用の可否と手続きの期限管理は税理士と早い段階で共有しておきたい部分です。

検討しうる特例の一覧

いずれの特例にも細かな要件があり、他の特例との併用が制限されている場合もあります。どれを選ぶかで税額が変わり得るため、複数のパターンで比較したうえで判断する進め方が現実的です。比較の作業は税理士に依頼するのが確実で、相続が絡む場合は権利関係の整理について弁護士の関与も検討したい場面です。

印紙税と、その他にかかるもの

平成26年4月1日から令和9年3月31日までの間に作成される不動産の譲渡に関する契約書のうち、記載金額が10万円を超えるものについては、印紙税の軽減措置の対象とされています。（出典：国税庁 No.7108 不動産の譲渡、建設工事の請負に関する契約書に係る印紙税の軽減措置）

また、金銭の受取書のうち売上代金に係るものには手付けが含まれるとされ、記載された受取金額が5万円未満のものや、営業に関しない金銭の受取書は非課税とされています。（出典：国税庁 No.7105 金銭又は有価証券の受取書、領収書／No.7125 営業に関しない受取書）契約書を何通作成して誰が保管するかによっても負担が変わるため、契約の設計段階で税理士に確認しておくと無駄が出にくくなります。

申告と納税までの流れ

よくある質問（FAQ）

まとめ

売主にかかる税金は、譲渡所得に対するものを中心に、印紙税や消費税、登録免許税が並びます。それぞれ発生する場面が違うため、契約時、引渡し時、申告時と時間軸で並べて把握しておくと見落としが減ります。

なかでも効いてくるのは、取得費を実額で示せるかどうかと、所有期間の区分です。どちらも売却を決めた後では変えにくい要素であり、資料探しと引渡し時期の設計は早いほど選択肢が残ります。

特例の選択は、条件の組み合わせによって結果が変わります。複数のパターンを比較する作業は税理士に、契約や権利関係の整理は弁護士に相談しながら進めることで、判断の土台が固まります。売り出す前に一度、数字の見通しを立てておくことをおすすめします。