店舗付き住宅を相続した人が「使うか売るか」で悩む時

まず知るべきこと：「使う」と「売る」は順番を入れ替えられない

最初に押さえたいのが、相続した家を売るときに使える特例の要件です。国税庁は、被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例について、対象となる被相続人居住用家屋の要件として、昭和56年5月31日以前に建築されたこと、区分所有建物の登記がされていない建物であること、相続開始の直前に被相続人が居住しており被相続人以外に居住していた人がいなかったことを挙げています（出典：国税庁「No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3306.htm／2026年10月時点）。

そして適用要件として、家屋を売る場合には相続の時から譲渡の時まで事業の用、貸付けの用または居住の用に供されていたことがないこと、譲渡の時に一定の耐震基準を満たすことが挙げられています。売却は相続開始日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに行い、売却代金は1億円以下であることが必要とされています。控除額は最高3,000万円で、令和6年1月1日以後の譲渡で相続人が3人以上の場合は2,000万円です。

「とりあえず使う」が選択肢を消す

この要件が意味することは明確です。相続した後に自分が住む、店を開く、人に貸す。どれをしても「事業の用、貸付けの用または居住の用に供された」ことになり、この特例の要件を欠きます。「とりあえず使ってみて、合わなければ売る」という順番は、この特例とは両立しません。

ただし店舗付き住宅には、もう一つ確認すべき点があります。同庁のページには店舗部分を含む建物の扱いが明示されておらず、対象は主として被相続人が居住していた一の建築物に限られるとされています。親が店を営んでいた部分が相続開始の直前にどう使われていたかによって、適用の可否や範囲が変わる余地があります。ご自身の建物がこの特例の射程に入るかどうかは、使うか売るかを決める前に税理士に確認してください。

「使う」を選ぶなら：住む・営む・貸すで税務が分かれる

「使う」と決めた場合も、使い方は一つではありません。住む、自分で商売をする、人に貸す。この3つで税務の整理がまったく違います。

自分が住む場合、将来その家を売るときは自分の居住用財産としての特例が検討の対象になります。国税庁は、マイホームを売ったときは所有期間の長短に関係なく譲渡所得から最高3,000万円まで控除できる特例があるとしています（出典：国税庁「No.3302 マイホームを売ったときの特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm／2026年10月時点）。ただし店舗併用住宅では、特例を受けられるのは自分の居住の用に使っていた部分に限られ、居住用部分が全体のおおむね90パーセント以上なら全体を居住用として扱える取扱いがあります（出典：国税庁「No.3452 店舗併用住宅を売ったときの特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3452.htm／2026年10月時点）。

営む場合と貸す場合

親の店を自分が引き継いで営む場合、建物にかかる費用の扱いが論点になります。国税庁は、店舗併用住宅の費用のように家事と業務の両方にかかわる費用を家事関連費とし、必要経費になるのは取引の記録などに基づいて業務遂行上直接必要であったことが明らかに区分できる部分に限られるとしています（出典：国税庁「No.2210 必要経費の知識」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2210.htm／2026年10月時点）。

店舗部分を人に貸す場合は不動産所得です。国税庁は、必要経費になる主なものとして固定資産税、損害保険料、減価償却費、修繕費を挙げています（出典：国税庁「No.1370 不動産収入を受け取ったとき（不動産所得）」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1370.htm／2026年10月時点）。賃料は契約や慣習で支払日が定められている場合はその日に計上し、敷金は預り金であって返還を要しないことが確定した日に収入になるという整理もあります（出典：国税庁「No.1376 不動産所得の収入計上時期」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1376.htm／2026年10月時点）。貸す場合は賃貸借契約の内容が将来の売却条件を縛りますので、契約書の作り方は弁護士に確認しておくとよいでしょう。

持ち続ける間の固定資産税

使うにしても売るにしても、持っている間は固定資産税がかかります。総務省は、住宅やマンションなど居住できる建物の敷地を住宅用地とし、200平方メートル以下の部分は課税標準額が価格の6分の1に、200平方メートルを超える部分は3分の1に軽減される特例を示しています（出典：総務省 地方税制度 固定資産税 https://www.soumu.go.jp/main_sosiki/jichi_zeisei/czaisei/czaisei_seido/150790_15.html／2026年10月時点）。

店舗付き住宅の場合、居住部分の割合によって住宅用地として扱われる範囲が変わる取扱いがありますが、同省のページにはその詳細の記載がありません。ご自身の建物でどこまでが住宅用地と認められているかは、固定資産税の課税明細を見るか、所在地の自治体に確認してください。建物を解体して土地だけにすると、この特例の前提が変わる点も、売り方を考えるうえで押さえておきたいところです。

「売る」を選ぶなら：空き家特例か取得費加算か

売ると決めた場合、特例は一つではありません。国税庁は、相続で取得した不動産を売った場合に相続税額のうち一定の金額を取得費に加算できる特例を示しています（出典：国税庁「No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3267.htm／2026年10月時点）。相続税を納めた人にとっては、空き家特例と並ぶもう一つの道です。

ここで重要なのが両者の関係です。空き家特例の要件には、相続財産を譲渡した場合の取得費の特例を含む他の特例の適用を受けていないことが含まれています。同じ売却について、空き家特例と取得費加算を両方使うことはできません。どちらが有利かは、相続税の額、売却価格、建物の状態で変わります。

保有期間と取得費は親の代から引き継ぐ

相続してすぐに売ると短期譲渡になるのではないかと心配される方がいますが、国税庁は、相続や贈与で取得した土地・建物については被相続人の取得費と取得時期を引き継ぐとしています（出典：国税庁「No.3270 相続や贈与によって取得した土地・建物の取得費と取得の時期」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3270.htm／2026年10月時点）。親が長く持っていた店舗付き住宅なら、相続直後でも長期として扱われる余地があります。

一方で取得費も引き継ぎますから、親がいくらで取得したか、建物部分の償却がどこまで進んでいるかを調べる必要があります。長く商売をしてきた建物ほど、事業用部分の償却は進んでいます。古い契約書や過去の確定申告書を探し、どの特例を選ぶかの試算は税理士に依頼してください。

期限で考えると、迷っていられる時間が見える

「使うか売るか」を考える時間は無限ではありません。期限を並べると、迷っていられる期間の輪郭が見えてきます。

国税庁は、相続税の申告と納税は遺産に係る基礎控除額を超える場合に必要で、被相続人が死亡したことを知った日の翌日から10か月以内に行うとしています（出典：国税庁「No.4205 相続税の申告と納税」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4205.htm／2026年10月時点）。法務省によると、相続登記は令和6年4月1日から義務化され、相続で不動産の所有権を取得したことを知った日から3年以内に申請することが義務づけられており、正当な理由なく怠ると10万円以下の過料の対象です（出典：法務省「相続登記の申請義務化について」 https://www.moj.go.jp/MINJI/minji05_00599.html／2026年10月時点）。

期限	内容	「使うか売るか」への影響
10か月	相続税の申告と納税	納税資金のために売るなら、この時点までに方針が要る
3年	相続登記の申請	売るにも貸すにも登記が前提になる
3年を経過する日の属する年の12月31日	空き家特例の売却期限	この間に使わずに売るか、使って別の道に進むか
相続税の申告期限から3年	取得費加算の特例を使った売却	空き家特例を選ばない場合のもう一つの区切り

表を見ると、空き家特例を使って売る道を残したいなら、相続開始から3年ほどの間は建物を使わずに置いておく必要があるとわかります。しかし置いておく間にも固定資産税と管理の手間はかかり、建物は傷みます。「迷っている」という状態そのものが、空き家特例の道を選んでいることと同じになる点は意識しておきたいところです。期限の数え方は起算点で変わりますので、ご自身のケースでの日付は税理士に確認してください。

判断の軸は「建物の状態」と「自分の生活」

制度の構造が見えたところで、判断の軸を整理します。一つは建物の状態です。国税庁は、空き家特例の適用に、家屋を売る場合は譲渡の時に一定の耐震基準を満たすこと、家屋を取り壊した後に敷地を売る場合は取壊し後に建物等の敷地として使われていないことなどを挙げています。令和6年1月1日以後の譲渡では、譲渡日の属する年の翌年2月15日までに耐震基準を満たすか取り壊す形も認められるとされています。

昭和56年5月31日以前に建築された店舗付き住宅は、現状のままでは耐震基準を満たさないことが少なくありません。その場合、改修して売るか、解体して土地として売るかの選択になります。解体費用や改修費用がいくらかかるか、そのうえで手取りがどう変わるかは、見積りを取って税理士に試算してもらう必要があります。

税務の前にある問い

もう一つの軸は、税務ではありません。自分や家族が、その場所で暮らす意思があるか。親の店を継ぐ気持ちがあるか。あるいは貸主として長く付き合っていく覚悟があるか。税金の有利不利は、この問いに答えが出た後に効いてくるものです。

使う意思がはっきりしているなら、空き家特例の道が閉じることを承知のうえで使えばよいのです。使う意思がないのに「もったいない」という気持ちだけで置いておくと、期限が過ぎ、建物が傷み、どの道も狭くなります。使うにしても売るにしても、兄弟など共同相続人がいるなら、誰が使うのか、賃料や売却代金をどう分けるのかを先に固めておく必要があります。その取り決めは弁護士に見てもらってから書面にしてください。

よくある質問

まとめ

店舗付き住宅を相続して「使うか売るか」で悩むとき、最初に知っておくべきは、その二つが順番を入れ替えられないことです。相続した家を売るときの空き家特例には、相続の時から譲渡の時まで事業用・貸付用・居住用に供されていないことという要件があり、一度使えばその道は閉じます。

使うなら、住む・営む・貸すのどれかで税務の整理が変わります。売るなら、空き家特例と取得費加算のどちらを選ぶかという判断があり、両方は使えません。そして相続税の10か月、相続登記の3年、空き家特例の売却期限という期限が、迷っていられる時間を区切ります。

税金の有利不利は、その場所で暮らす意思があるかという問いに答えが出てから効いてきます。まず家族で意思を固め、建物の状態を確かめ、そのうえで税理士に特例の判定と試算を、弁護士に共同相続人との取り決めと契約の設計を依頼する。この順番で進めれば、「もったいない」という気持ちだけで時間を失うことはなくなります。