不動産売却の税金｜売主が最低限理解すべき5つの数字

QUICK ANSWER ─ この記事が答える問い

不動産を売ったときの税金で、売主が最低限知っておくべき数字は何ですか？

5つあります。長期と短期を分ける「5年」（売った年の1月1日時点で判定）、長期の税率の目安「約20%」、短期の税率の目安「約39%」、居住用の財産に使える特別控除の「3,000万円」、相続した不動産で取得費加算が使える期限の目安「3年10か月」です。税金はもうけ（譲渡所得）にかかるため、取得費と譲渡費用の記録が前提になります。事業用不動産では特別控除が使えない場面も多いため、売る前に税理士へ試算を依頼するのが安心です。

不動産を売ったときの税金は、制度の名前や例外が多く、全部を理解しようとすると途中で手が止まってしまいます。けれども売主が判断に使う場面で必要になる数字は、実はそれほど多くありません。

いつ売るか、いくらで売れば手元にいくら残るか、どの特例が候補になるか。この3つの問いに答えるために押さえておきたいのが、この記事で取り上げる5つの数字です。数字の意味が分かっていれば、税理士への相談も具体的になります。

この記事では、5つの数字を国税庁の公表内容に沿って一つずつ説明し、店舗やテナントビルなど事業用不動産の売主が気をつけたい点を添えます。個別の税額は物件と売主の事情で変わりますので、最終的な判断は専門家にご確認ください。

数字の前に ─ 税金は「売った金額」ではなく「もうけ」にかかる

ポイントは3個：

譲渡所得は、売った金額から取得費と譲渡費用を差し引いて計算する
建物の取得費は、減価償却費相当額を差し引いた額になる
土地・建物の譲渡所得は、給与など他の所得と分けて計算する

5つの数字に入る前に、税金がかかる対象を確かめておきます。国税庁は、土地や建物を売ったときの譲渡所得は、売った金額から取得費と譲渡費用を差し引いて計算し、他の所得と区分して税額を計算するとしています（出典：国税庁「No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3202.htm／2026年10月時点）。

つまり、税率をいくら正確に覚えても、その税率を掛ける「もうけ」の額が分からなければ税額は出ません。もうけを決めるのが取得費です。国税庁は、取得費には購入代金や購入手数料のほか設備費や改良費も含まれ、建物については所有期間中の減価償却費相当額を差し引くとしています（出典：国税庁「No.3252 取得費となるもの」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3252.htm／2026年10月時点）。

事業用の建物では、毎年の必要経費に算入された償却費の合計額を差し引くとされています（出典：国税庁「No.3261 建物の取得費の計算」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3261.htm／2026年10月時点）。長く賃貸してきた建物ほど取得費が小さくなり、もうけが大きく出やすい点は、事業用不動産の売主が最初に知っておきたい特徴です。購入時の契約書と過去の確定申告書を税理士に見せて、取得費を確かめるところから始めましょう。

数字1「5年」─ 長期と短期を分ける境目

ポイントは3個：

売った年の1月1日現在で、所有期間が5年を超えれば長期、5年以下なら短期
実際に持っていた期間ではなく、1月1日時点で判定する
年末か年明けかで、区分が変わる場合がある

1つ目の数字は「5年」です。国税庁は、譲渡した年の1月1日現在の所有期間が5年を超える土地や建物を売ったときは長期譲渡所得として税額を計算するとしています（出典：国税庁「No.3208 長期譲渡所得の税額の計算」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3208.htm／2026年10月時点）。一方、譲渡した年の1月1日現在の所有期間が5年以下の場合は短期譲渡所得になります（出典：国税庁「No.3211 短期譲渡所得の税額の計算」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3211.htm／2026年10月時点）。

注意したいのは、判定の基準が「売った日」までの期間ではなく、「売った年の1月1日」時点の期間だという点です。購入から5年を少し過ぎた時点で売っても、その年の1月1日時点ではまだ5年以下であれば、短期として扱われます。

このため、売る時期を年末にするか年明けにするかで区分が変わる物件があります。取得からの年数がこの境目に近い場合は、買主と引渡し日を決める前に税理士に確認してください。何をもって「売った日」とするかにも考え方がありますので、契約日と引渡し日のどちらを基準にするかも、あわせて尋ねておくと安心です。

数字2・3「約20%」と「約39%」─ 長期と短期の税率

ポイントは3個：

長期は所得税15%・住民税5%、短期は所得税30%・住民税9%
令和29年分までは、所得税額に2.1%を掛けた復興特別所得税が加わる
合計の目安は、長期で20.315%、短期で39.63%

2つ目と3つ目の数字は税率です。国税庁は、長期譲渡所得の税額を「課税長期譲渡所得金額×15%（住民税5%）」（出典：国税庁「No.3208」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3208.htm／2026年10月時点）、短期譲渡所得の税額を「課税短期譲渡所得金額×30%（住民税9%）」としています（出典：国税庁「No.3211」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3211.htm／2026年10月時点）。

さらに国税庁は、平成25年から令和29年までの各年分は、復興特別所得税を所得税とあわせて申告・納付し、その額は基準所得税額に2.1%を掛けて計算するとしています（同上）。所得税の部分に2.1%分が上乗せされるため、合計の目安は次のとおりです。

区分	所得税	復興特別所得税	住民税	合計の目安
長期（5年超）	15%	0.315%	5%	20.315%
短期（5年以下）	30%	0.63%	9%	39.63%

※復興特別所得税は所得税率に2.1%を掛けた割合（15%×2.1%、30%×2.1%）を表示しています。軽減税率などの特例を受ける場合は異なります。

税率の差を手取りで考える

長期と短期では、税率におよそ2倍の差があります。たとえば、もうけ（課税譲渡所得金額）が1,000万円の場合、長期なら税額の目安は約203万円、短期なら約396万円です。差額の約193万円は、そのまま手取りの差になります。

5年の境目に近い物件では、数か月売却を待つことで手取りが大きく変わる場合があります。ただし、待っている間の賃料収入や修繕費、市場価格の変動もあわせて考える必要があります。税率の差だけで判断せず、税理士に複数の売却時期で手取りを比べてもらうのがよいでしょう。売買契約の引渡し日の定め方については、弁護士に契約書案を確認してもらうと安心です。

数字4「3,000万円」─ 居住用の特別控除と事業用の関係

ポイントは3個：

3,000万円の特別控除は、マイホーム（居住用財産）を売った場合の特例
店舗併用住宅では、原則として居住用部分だけが対象になる
事業用・賃貸用の不動産そのものには使えない

4つ目の数字は「3,000万円」です。国税庁は、マイホーム（居住用財産）を売ったときは、所有期間の長短に関係なく譲渡所得から最高3,000万円まで控除できる特例があるとし、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ることなどの要件を示しています（出典：国税庁「No.3302 マイホームを売ったときの特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm／2026年10月時点）。

事業用不動産の売主が気をつけたいのは、この特例は住まいのための特例だという点です。テナントビルや賃貸している区分店舗には使えません。店舗付き住宅については、国税庁は居住用部分に限って特例の対象とし、居住用部分がおおむね90%以上であれば全体を居住用として扱えるとしています（出典：国税庁「No.3452 店舗併用住宅を売ったときの特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3452.htm／2026年10月時点）。

また、相続した空き家を売る場合にも3,000万円の特例がありますが、国税庁は昭和56年5月31日以前に建築された家屋であることや、相続の時から譲渡の時まで事業・貸付け・居住の用に供されていないことなどを要件としています（出典：国税庁「No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3306.htm／2026年10月時点）。相続後に貸していた物件は対象外になるため、使えるかどうかは税理士に要件を一つずつ確認してもらってください。

数字5「3年10か月」─ 相続した不動産の売却期限の目安

ポイントは3個：

相続税の申告期限は、相続の開始を知った日の翌日から10か月以内
その翌日以後3年を経過する日までに売れば、相続税の一部を取得費に加算できる
相続税が課税されていることが前提で、加算できる額には上限がある

5つ目の数字は「3年10か月」です。これは相続した不動産を売るときの期限の目安です。国税庁は、相続により取得した土地や建物などを、相続開始のあった日の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに売った場合、支払った相続税の一部を取得費に加算できるとしています（出典：国税庁「No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3267.htm／2026年10月時点）。

相続税の申告期限について、国税庁は相続の開始があったことを知った日の翌日から10か月以内としています（出典：国税庁「No.4205 相続税の申告と納税」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4205.htm／2026年10月時点）。10か月と3年を足して、相続からおおむね3年10か月が目安になるというわけです。

ただし、国税庁によるとこの特例は相続税が課税されていることが前提で、加算できる額は、相続税額のうち売った資産に対応する部分として計算され、譲渡益の額が上限とされています（同上）。相続税がかからなかった場合には使えません。事業用不動産は評価額が大きく、相続税の対象になることも多いため、相続人の間で売るかどうかを話し合う段階から、この期限を意識しておきたいところです。遺産分割がまとまらない場合は弁護士に、加算額の試算は税理士に相談してください。

5つの数字を自分の物件に当てはめる手順

ポイントは4個：

最初に、取得した日と取得の経緯（購入か相続か）を確かめる
次に、居住用部分があるかどうかを確かめる
そのうえで、取得費と譲渡費用の見込みを出してもらう
最後に、売却時期を変えた場合の手取りを比べる

5つの数字は、すべての物件に同じように関係するわけではありません。自分の物件にどれが当てはまるかは、次の順番で確かめると整理しやすくなります。

まず、いつ、どのように取得したかです。購入した物件なら、購入日から「5年」の境目を確認します。相続した物件なら、相続開始日と相続税の申告の有無から「3年10か月」の期限を確認します。相続した物件の長期・短期の判定は、購入した物件とは確認すべき事項が異なりますので、あわせて税理士に確認してください。

次に、居住用部分があるかどうかです。テナントビルや賃貸中の区分店舗のように住まいの部分がなければ、「3,000万円」の特例は候補から外れます。店舗付き住宅のように住まいと店舗が一緒になっている物件では、居住用部分の割合が論点になります。共有で持っている場合、国税庁は居住用財産の特例について共有者それぞれが最高3,000万円の控除を受けられるとしています（出典：国税庁「No.3308 共有のマイホームを売ったときの3,000万円の特別控除」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3308.htm／2026年10月時点）。

そのうえで、取得費と譲渡費用の見込みを出してもらいます。譲渡費用について国税庁は、土地や建物を売るために直接かかった費用であり、修繕費や固定資産税など資産の維持・管理のための費用は含まれないとしています（出典：国税庁「No.3255 譲渡費用となるもの」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3255.htm／2026年10月時点）。

最後に、売却時期をいくつか想定して手取りを比べます。共有者や相続人が複数いる場合は、全員が同じ時期に同じ条件で売れるとは限りません。意見が分かれそうなときは、税額の試算と並行して弁護士に進め方を相談しておくと、期限に間に合わなくなる事態を避けやすくなります。

税務・法務の確認をあわせて進めるために

5つの数字は、売主が判断するための「物差し」です。実際の税額は、取得費の額、特例の要件を満たすかどうか、他の所得との関係で変わります。数字の意味をつかんだうえで、具体的な試算は専門家に任せるのが近道です。

税務面で税理士に確認したい主な事項は、取得費の額と減価償却費の合計、売った年の1月1日時点の所有期間と長期・短期の区分、売却時期を変えた場合の手取りの比較、居住用部分がある場合の特例の可否と按分、相続した物件の取得費加算の額と期限、翌年の申告と納税資金の準備などです。

法務面で弁護士に確認したい主な事項は、売買契約書の引渡し日と所有権移転の定め、相続した物件の遺産分割の進め方と共有の解消、テナントがいる物件の賃貸借の引継ぎ、契約不適合責任や告知事項の定め方などです。

税額の大きさは、売るかどうか、いつ売るかの判断そのものを左右します。媒介契約を結ぶ前に一度、売買契約を結ぶ前にもう一度、両方の専門家に相談しておくと安心です。

よくある質問

Q1. 売って損をした場合も税金はかかりますか

税金はもうけ（譲渡所得）にかかるため、売った金額が取得費と譲渡費用の合計を下回れば、譲渡所得は生じません（No.3202／2026年10月時点）。ただし減価償却で取得費が小さくなっていることがあるため、損かどうかは税理士に計算してもらってください。

Q2. 5年の判定はいつの時点で行いますか

売った年の1月1日現在の所有期間で判定します。5年を超えれば長期、5年以下なら短期です（No.3208・No.3211／2026年10月時点）。

Q3. 20.315%という数字はどこから来ていますか

長期の所得税15%と住民税5%に、所得税額に2.1%を掛けた復興特別所得税（15%×2.1%＝0.315%）を加えた目安です。復興特別所得税は令和29年分まで適用されます（No.3208／2026年10月時点）。

Q4. 短期で売ると税金はどのくらい増えますか

短期の合計税率の目安は39.63%で、長期のおよそ2倍です。もうけが1,000万円なら、税額の目安は長期で約203万円、短期で約396万円になります。境目に近い場合は、売却時期を税理士に相談してください。

Q5. テナントビルを売るときに3,000万円控除は使えますか

3,000万円の特別控除はマイホーム（居住用財産）を売った場合の特例のため、賃貸しているテナントビルには使えません（No.3302／2026年10月時点）。ビルの一部に住んでいる場合は、税理士に確認してください。

Q6. 店舗付き住宅ではどうなりますか

原則として居住用部分だけが特例の対象で、居住用部分がおおむね90%以上なら全体を居住用として扱えるとされています（No.3452／2026年10月時点）。按分の方法は税理士にご確認ください。

Q7. 3年10か月を過ぎるとどうなりますか

相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日を過ぎて売ると、相続税額の一部を取得費に加算する特例は使えなくなります（No.3267／2026年10月時点）。正確な期限は、相続開始日と申告期限から税理士に確認してください。遺産分割が長引きそうな場合は、期限に間に合うよう弁護士にも早めにご相談ください。

Q8. 相続税がかからなかった場合も取得費加算は使えますか

この特例は、売った人に相続税が課税されていることが前提です（No.3267／2026年10月時点）。相続税がかからなかった場合は使えません。

Q9. 長く貸していた建物ほど税金が増えるのはなぜですか

事業用の建物は、毎年の必要経費に算入された償却費の合計額を取得費から差し引くためです（No.3261／2026年10月時点）。取得費が小さくなると、もうけが大きく計算されます。

Q10. 税金はいつ払うのですか

土地や建物の譲渡所得は、売った年の翌年に確定申告をして納めます。売った年のうちには税金の請求が来ないため、売却代金の中から納税資金を分けておくことが大切です。具体的な申告の準備は税理士にご相談ください。

まとめ

不動産を売ったときの税金は、5つの数字で全体像をつかめます。長期と短期を分ける「5年」は売った年の1月1日時点で判定し、長期の税率は約20%（目安20.315%）、短期は約39%（目安39.63%）です。マイホームの「3,000万円」特別控除は事業用・賃貸用の不動産には使えず、店舗付き住宅では居住用部分が中心になります。相続した不動産では「3年10か月」が、相続税を取得費に加算できる期限の目安です。

そして、どの数字を使うにしても、その前提になるのは「もうけ」の計算です。事業用の建物は減価償却で取得費が小さくなっているため、思ったより譲渡所得が大きくなることがあります。

5つの数字を手元のメモに書き出し、自分の物件ではどれが関係するかを確かめてみてください。そのメモを持って税理士に相談すれば、売るかどうか、いつ売るかの判断材料がぐっと具体的になるはずです。

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